控制水盤內污染的方法有如下幾種：

1、定期（至少每兩周一次），更換水盤內的無菌蒸餾水或無菌去離子水。

2、在水盤內添加適量硫酸銅，配制方法：20g無水硫酸銅＋5ml濃硫酸＋1L滅菌純水。

3、夏季氣溫高時，水盤里加0.02％的疊氮鈉可以有效的預防真菌污染。

4、水盤內添加適量抗生素。

5、定期為培養箱（含水盤）進行一次高溫滅菌。

6、使用的水盤污染控制試劑，如市面上有些CO2培養箱廠家提供水盤污染控制的銀離子消毒盒，說明書上描述能有效殺滅600中微生物，能持續使用6個月，但此類污染控制試劑較常規方法，除了價格之外*。